O Laboratório de Espectrometria de Massas (LEMAP), também locado no departamento de Engenharia Pesca, conta com um moderno espectrômetro de massas SYNAPT HDMS (Waters) equipado com fontes de ionização do tipo MALDI, Electospray e nanoElectrospray, além de um cromatógrafo de ultra performance nanoAcquity (Waters) acoplado ao espectrômetro, um sequenciador de aminoácidos e proteínas (SHIMADZU) e um gerador de nitrogênio. Possui também um microcalorímetro ITC (Malvern) e um equipamento de medida do espalhamento dinâmico de luz (DLS).